Tra il 1460 e il 1464 compose i primi 24 dei 25 libri (capitoli) del Trattato di Architettura dedicata a Francesco Sforza, composta sotto forma di dialogo tra l"architetto" e il "duca". Filarete dimostra di avere una certa conoscenza sia del De re aedificatoria di Leon Battista Alberti che del De architectura di Vitruvio che cita diverse volte ed affronta con atteggiamento critico. Il trattato è scritto programmaticamente in volgare. L'opera, seppure rimasta sotto forma di manoscritto, ebbe comunque una larga diffusione nella cultura della seconda metà del XV secolo, soprattutto in Lombardia, giungendo, tradotta appositamente in latino su richiesta di Mattia Corvino, fino a Budapest.

La trasmissione avvenne a partire da quattro manoscritti, due dei quali perduti o irreperibili. L'unico manoscritto completo, seppure probabilmente non autografo, è il cosiddetto Codice Magliabechiano che dovrebbe corrispondere ad una seconda versione, in cui compare il XXV libro, dedicata a Piero de Medici e redatta in occasione del suo ritorno a Firenze.

 

Il trattato contiene, tra l'altro, il piano della prima città ideale compiutamente teorizzata: Sforzinda, inserita in una cinta muraria a forma di stella a otto punte.

 

L'opera di Filarete, al contrario del De re aedificatoria di Leon Battista Alberti che affida la definizione delle indicazioni progettuali solo alla mediazione del testo, utilizza un gran numero di illustrazioni di sua mano, a cui il testo fa continuamente riferimento e che forse rappresentano l'elemento di maggior interesse del trattato. Infatti per il Filarete il disegno, a cui dedica tre libri del suo trattato, era oltre che un'indispensabile tramite di qualsiasi argomentazione architettonica, un’attività intellettuale, strumento di comunicazione del pensiero, forma sensibile dell’idea, "fondamento e via d’ogni arte che di mano si faccia". Una concezione, in questo, molto simile a quella di Alberti che definiva il disegno "un tracciato preciso e uniforme, concepito nella mente, eseguito per mezzo di linee ed angoli, e condotto a compimento da persona dotata d’ingegno e di cultura".