Nacque il 12 febbraio 1788 a Brandeis, città della Boemia. Nel 1808 fu assegnato come tenente ingegnere alla Direzione delle Fortificazioni nella piazzaforte di Theresienstdt. Nella città fortezza progettata nel settecento dal veronese Carlo Pellegrini, Hlavaty prese contatto con l'architettura delle fortificazioni. Partecipò alle operazioni del blocco di Dresda e all'assedio di Hunningen. Nel 1815 fu inviato alla fortezza di Temesvar dove vi rimase fino al 1816. Presto poi servizio a Graz per sei anni.

Dal 1823 al 1827, da capitano ingegnere, venne assegnato alla Direzione distrettuale delle Fortificazioni di Milano, dove ebbe l'opportunità di iniziare la sua fortunata collaborazione con Franz von Scholl. Successivamente, nominato Direttore delle Fortificazioni a Sebenico, fino al 1827, ed a Ragusa, fino al 1831, si dedicò allo studio delle fortificazioni costiere della Dalmazia. Negli anni successivi iniziò la sua attività venticinquennale nella città di Verona. Sotto la sua direzione era stata ricostruita la cinta magistrale, erano stati eretti i forti collinari, i primi forti esterni annessi alla cinta e si erano iniziate le fortificazioni del rideau di San Massimo e Santa Lucia.

Nell'ambito della Feld-Genie-Direction di Von Scholl, intervenne per allestire difese provvisorie alle fortificazioni di Milano, Borgoforte, sul Pò, e Valeggio, sul Mincio, in previsione di imminenti operazioni di guerra contro la Francia.

Nella primavera del 1833 il maggiore, fu nominato Direttore dei lavori di fortificazione, e lo mantenne fino al 1848. A lui, in riconoscimento della sua attività di architetto militare, gli fu intitolato un forte dello sbarramento Rivoli - Ceraino.

Morì a Vienna il 14 marzo del 1870.